В настоящее время государственное управление в области использования и охраны вод осуществляется в соответствии с общей системой государственного управления природными ресурсами. Оно подразделяется на общее и ведомственное. Общее государственное управление осуществляется: а) органами общей компетенции (Президент РФ, Правительство РФ, органы законодательной и исполнительной власти субъектов РФ, органы местного самоуправления); б) органами специальной компетенции (Министерство природных ресурсов и экологии РФ и находящиеся в его ведении Федеральная служба по надзору в сфере природопользования, Федеральное агентство по недропользованию, Федеральное агентство водных ресурсов, Федеральное агентство лесного хозяйства, их территориальные органы межрегионального уровня в каждом федеральном округе и регионального и межрегионального уровней в каждом субъекте РФ).
Ведомственное управление землями водного фонда осуществляется соответствующими министерствами по различным отраслям экономики (Министерство сельского хозяйства РФ, Министерство транспорта РФ, Федеральная служба по экологическому, техническому и атомному надзору и т.д.).
— осуществление контрольных и надзорных функций за использованием и охраной водных объектов на соответствующей территории;
— деятельность по осуществлению государственного водного реестра;
— разработка и организация деятельности по рациональному использованию водных объектов;
— осуществление мер по предотвращению негативного воздействия на водные объекты и ликвидация его последствий;
— осуществление иных функций по управлению государственным имуществом и оказанию государственных услуг в установленной сфере деятельности, если такие функции предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента РФ и Правительства РФ.