Федеральным законом вводится институт нежелательности на территории Российской Федерации деятельности иностранных и международных неправительственных организаций, в связи с чем вносятся изменения в ряд законодательных актов, в том числе в федеральные законы «О мерах воздействия на лиц, причастных к нарушениям основополагающих прав и свобод человека, прав и свобод граждан Российской Федерации», «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», Уголовный кодекс и Кодекс Российской Федерации об административных правонарушениях.
Федеральным законом предусматривается, что деятельность иностранной или международной неправительственной организации, представляющая угрозу основам конституционного строя Российской Федерации, обороноспособности страны или безопасности государства, может быть признана нежелательной на территории Российской Федерации. Решение о признании нежелательной на территории Российской Федерации деятельности указанной организации принимается Генеральным прокурором Российской Федерации или его заместителями по согласованию с федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере международных отношений Российской Федерации. Отмена такого решения осуществляется этими же должностными лицами.
Кроме того, Федеральным законом устанавливается уголовная и административная ответственность за осуществление деятельности на территории Российской Федерации иностранной или международной неправительственной организации, в отношении которой принято решение о нежелательности её деятельности на территории Российской Федерации.