Общее руководство таможенным делом осуществляют Президент РФ и Правительство РФ.
Таможенное дело непосредственно осуществляют таможенные органы Российской Федерации, являющиеся правоохранительными органами и составляющие единую систему, в которую входят: находящаяся в системе Министерства экономического развития Федеральная таможенная служба, региональные таможенные управления, таможни, таможенные посты.
Федеральная таможенная служба России является федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим непосредственное руководство таможенным делом в Российской Федерации. В своей деятельности она взаимодействует с другими федеральными и субъектов Федерации органами исполнительной власти и общественными объединениями, а возложенные на нее задачи решает непосредственно и через региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты, таможенные лаборатории, подведомственные учебные заведения, научно-исследовательские учреждения, вычислительные центры и другие предприятия и организации.