Целевые бюджетные фонды — это централизованные денежные фонды, образуемые ежегодно в рамках государственного и местного бюджетов, средства которых используются строго вым назначением. Срок действия указанных целевых фондов может быть пролонгирован, но для этого они должны быть включены в бюджет следующего года. Поэтому основным источником правового регулирования целевых бюджетных фондов является ежегодно принимаемый закон (или решение органа местного самоуправления) о бюджете на текущий год. Однако деятельность некоторых из них регламентируется также положением о соответствующем фонде, утверждаемым исполнительным органом власти. Это, как правило, касается тех бюджетных фондов, которые создаются в рамках бюджета на протяжении нескольких лет.
Особенностями целевых бюджетных фондов, как правило, являются: краткосрочность функционирования (финансовый год); создание рамках бюджета соответствующего уровня; образование за счет общеобязательных платежей юридических и физических лиц (налоговых и неналоговых); использование средств на строго определенные цели, закрепленные в законе (решении) о бюджете на текущий год (как правило, на поддержку государственно и социально-значимых сфер жизнедеятельности, отраслей экономики, хозяйства и т.д.).
Особенностями бюджетных целевых фондов, сформированных в период с 1995 по 2000 г., явилось то, что большинство этих фондов ранее имели статус внебюджетных. Процесс консолидации (включения) внебюджетных фондов бюджет был обусловлен задачами устранения государственных и муниципальных средств по многочисленным внебюджетным фондам в условиях хронического бюджетного дефицита, усиления контроля за расходованием государственных (муниципальных) средств и включением их в состав бюджетных доходов и расходов, используемых на общегосударственные нужды. В эти годы в бюджеты разных уровней были консолидированы такие крупные внебюджетные фонды, как экологические, дорожные, фонды борьбы с преступностью и т. д.
В 2004 г. в соответствии с Федеральным законом от 23 декабря 2003 г. «О федеральном бюджете на 2004 год» сформированы следующие целевые бюджетные фонды: целевой бюджетный фонд Министерства РФ по атомной энергии (ст. 6); Фонд компенсаций (ст. 46); Фонд софинансирования (ст. 46, 51); Фонд социальных расходов (ст. 46); Фонд регионального развития (ст. 48); Фонд реформирования региональных финансов (ст. 50).
В 2004 г. впервые образован Стабилизационный фонд, который представляет собой часть средств федерального бюджета, образующихся за счет превышения цены на нефть над базовой и подлежащих обособленному учету, управлению и использованию в целях обеспечения сбалансированности федерального бюджета при снижении цены на нефть ниже базовой. Как и резервные фонды, этот фонд условно можно отнести к бюджетным целевым фондам. В настоящее время его деятельность подробно регламентируется новой главой БК РФ (131), вступившей в силу с 1 января 2004 г., а также постановлением Правительства РФ от 23 января 2004 г. «Об утверждении Правил перечисления в Стабилизационный фонд Российской Федерации дополнительных доходов федерального бюджета, остатков средств федерального бюджетана начало финансового года и доходов от размещения средств Стабилизационного фонда Российской Федерации» .
В 2005 г. в соответствии с изменениями, внесенными в БК РФ, впервые создаются следующие постоянные бюджетные фонды: федеральный фонд компенсаций — для предоставления субвенций на исполнение расходных обязательств субъектов РФ и (или) муниципальных образований в случаях, когда их финансовое обеспечение осуществляется в соответствии с законом за счет субвенций из федерального бюджета (ст. 133 БК РФ); региональный фонд финансовой поддержки поселений (ст. 137Б К РФ); региональный фонд финансовой поддержки муниципальных районов (городских округов) (ст. 138 БК РФ); кроме того, в целях финансового обеспечения исполнения органами местного самоуправления отдельных государственных полномочий создается региональный фонд компенсаций (ст. 140 БК РФ).